สำนักงานวิทยาเขต มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตศรีราชา จัดตั้งขึ้นเมื่อปี 2537 ตามนโยบายมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ในการปรับเปลี่ยนการบริหารงาน และรูปแบบการดำเนินงานของ "วิทยาลัยชุมชนศรีราชา" ให้เป็น "โครงการจัดตั้งวิทยาเขตศรีราชา" เพื่อทำหน้าที่เกี่ยวกับการบริหารธุรการและสนับสนุนการเรียนการสอน โดยโครงการจัดตั้งวิทยาเขตศรีราชาประกอบด้วยหน่วยงานภายใน 5 หน่วยงาน ได้แก่ โครงการจัดตั้งคณะวิทยาการจัดการ โครงการจัดตั้งคณะเทคโนโลยีอุตสาหกรรม โครงการจัดตั้งคณะทรัพยากรและสิ่งแวดล้อม โครงการจัดตั้งสำนักบริการวิทยาการ และโครงการจัดตั้งสำนักงานวิทยาเขต ในคราวประชุมสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ครั้งที่ 3/2542 เมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2542 ได้มีมติอนุมัติกำหนดฐานะจาก "โครงการจัดตั้งวิทยาเขตศรีราชา" เป็น "วิทยาเขตศรีราชา" ตามประกาศสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่อง การกำหนดเขตการศึกษาเป็นวิทยาเขต ประกาศ ณ วันที่ 16 เมษายน 2542 ต่อมาในคราวประชุมสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ครั้งที่ 12/2542 เมื่อวันที่ 20 ธันวาคม 2542 ได้อนุมัติให้มีการแบ่งโครงสร้างในวิทยาเขต ประกอบด้วย 5 หน่วยงานหลัก ได้แก่ คณะวิทยาการจัดการ คณะเทคโนโลยีอุตสาหกรรม คณะทรัพยากรและสิ่งแวดล้อม สำนักบริการวิทยาการ และสำนักงานวิทยาเขต ประกาศ ณ วันที่ 29 ธันวาคม 2542 โดยสำนักงานวิทยาเขตศรีราชา แบ่งเป็น 4 ฝ่าย ได้แก่ ฝ่ายบริหาร ฝ่ายการศึกษา ฝ่ายกิจการนิสิต และฝ่ายอาคารสถานที่และยานพาหนะ

          เนื่องจากสำนักงานวิทยาเขต มีภาระงานและขอบเขตของงานที่รับผิดชอบมากขึ้น เพื่อเป็นการรองรับภาระงานในปัจจุบันและการขยายตัวในอนาคต และมีหน่วยงานรับผิดชอบที่ชัดเจน ตลอดจนเป็นการเพิ่มประสิทธิภาพการบริหารจัดการและความคล่องตัวในการดำเนินงานในระดับสำนักงานวิทยาเขตโดยรวม จึงได้เสนอมหาวิทยาลัยเพื่อพิจารณาอนุมัติปรับโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานวิทยาเขต และในคราวประชุม สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ครั้งที่ 4/2549 เมื่อวันที่ 24 เมษายน 2549 อนุมัติให้ปรับเปลี่ยนโครงสร้างการแบ่งโครงสร้างภายในสำนักงานวิทยาเขตใหม่ แบ่งเป็น 5 ฝ่าย ได้แก่ ฝ่ายบริหาร ฝ่ายการศึกษา ฝ่ายกิจการนิสิต ฝ่ายอาคารสถานที่และยานพาหนะ และฝ่ายทรัพย์สินและสิทธิประโยชน์ ต่อมาตามประกาศมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่อง ให้ยุบเลิกสำนักวิทยบริการ วิทยาเขตศรีราชา และการปรับโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานวิทยาเขตศรีราชา เพื่อกำหนดโครงสร้างการบริหารงานวิทยาเขตให้มีรูปแบบโครงสร้างการบริหารที่เป็นแนวทางเดียวกัน และสอดคล้องกับภารกิจของวิทยาเขต เพื่อรองรับการเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ประกาศ ณ วันที่ 10 ตุลาคม 2557 จึงปรับโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานวิทยาเขตศรีราชา แบ่งเป็น 3 กอง ได้แก่ กองบริหารทั่วไป กองบริหารวิชาการและนิสิต และกองบริการกลาง

          ปัจจุบัน สำนักงานวิทยาเขตมีการปรับโครงสร้างใหม่ ตามประกาศมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เรื่อง การปรับโครงสร้างสำนักงานวิทยาเขตศรีราชา ประกาศ ณ วันที่ 2 ตุลาคม 2566 ประกอบด้วยโครงสร้างหน่วยงานภายใน ดังนี้

1. กองบริหารยุทธศาสตร์และสื่อสารองค์กร มีงานย่อย ได้แก่

1. งานบริหารและพัฒนาองค์กร
2. งานคลังและพัสดุ
3. งานสื่อสารองค์กรและวิเทศสัมพันธ์

2. กองบริหารการศึกษาและพัฒนานิสิต มีงานย่อย ได้แก่

1. งานบริหารการศึกษา
2. งานนวัตกรรมการเรียนรู้
3. งานบริหารกิจการนิสิตและการกีฬา
4. งานทรัพยากรการเรียนรู้

3. กองบริการและบริหารทรัพย์สิน มีงานย่อย ได้แก่

1. งานเทคโนโลยีสารสนเทศ
2. งานกายภาพและสิ่งแวดล้อม
3. งานบริหารทรัพย์สิน

4. กองบริหารการวิจัยและนวัตกรรม มีงานย่อย ได้แก่

1. งานบริหารการวิจัย นวัตกรรม และบริการวิชาการ
2. งานส่งเสริมศักยภาพด้านดิจิทัล
3. งานส่งเสริมนวัตกรรมเพื่อความยั่งยืน

5. ศูนย์นวัตกรรมการเกษตรอย่างยั่งยืนภูมิภาคตะวันออก
เป็นหน่วยงงานภายในไม่กำหนดสภานภาพ และไม่แบ่งหน่วยงานภายใน